パッケージ管理には、up2dateとyumがありますが、ｙumでの管理にします。
デフォルトでも問題ないと思いますが、国内サイトを使ったほうが早いので今回は国内ミラーを追加します。

■理研ミラーの場合
記述を追加するファイルは/etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo （yum.confでもOK）に理研ミラーのアドレスを記述します。

赤色が追加です。
デフォルトの部分にはコメントアウトをつけましょう。

[base]
name=CentOS-$releasever - Base
#baseurl=http://mirror.centos.org/centos/$releasever/os/$basearch/
baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/os/$basearch/
gpgcheck=1 #released updates

[update]
name=CentOS-$releasever - Updates
#baseurl=http://mirror.centos.org/centos/$releasever/updates/$basearch/
baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/updates/$basearch/
gpgcheck=1

#packages used/produced in the build but not released
[addons]
name=CentOS-$releasever - Addons
#baseurl=http://mirror.centos.org/centos/$releasever/addons/$basearch/
baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/addons/$basearch/
gpgcheck=1

#additional packages that may be useful
[extras]
name=CentOS-$releasever - Extras
#baseurl=http://mirror.centos.org/centos/$releasever/extras/$basearch/
baseurl=http://ftp.riken.jp/Linux/caos/centos/$releasever/extras/$basearch/
gpgcheck=1

#additional packages that extend functionality of existing packages
[centosplus]
name=CentOS-$releasever - Plus
baseurl=http://mirror.centos.org/centos/$releasever/centosplus/$basearch/
gpgcheck=1
enabled=0